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Defesa de Dissertação de Mestrado Nº - 1.171: "IMS Peptider - Uma Ferramenta Precisa e Eficiente para Predição de Estruturas de Peptídeos"

O aluno Ranieri Valença de Carvalho irá defender seu trabalho no dia 09 de agosto, às 13h, no Auditório do CIn Início: 09/08/2012 às 13:00 Término: 09/08/2012 às 15:00 Local: Auditório do CIn

Pós-Graduação em Ciência da Computação – UFPE
Defesa de Dissertação de Mestrado  Nº 1.171
 
Aluno: Ranieri Valença de Carvalho
Orientador: Profa. Katia Silva Guimarães
Co-orientador:  Prof. Roberto Dias Lins Neto (DQF/UFPE)
Título: IMS Peptider - Uma Ferramenta Precisa e Eficiente para Predição de Estruturas de Peptídeos
Data: 9/8/2012
Hora/Local: 13h – Auditório do CIn (1º andar)
Banca Examinadora:
Prof. Katia Silva Guimarães(UFPE / CIn)
Prof. Marcelo Zaldini Hernandes (Farmacia UFPE)
Prof. Pedro Machado Manhães de Castro(UFPE / CIn)
 
RESUMO:
 
A tecnologia proteômica tem crescido dramaticamente na última década. A recente introdução de espectrometria de massa usando mobildade de íons (IMS) na proteômica provê uma separação ortogonal para aa plataformas LC-MS, largamente utilizadas, separando peptídeos diferentes ao longo do tempo de passagem pelos equipamentos. Esta nova estratégia permite a análise de misturas complexas de peptídeos em larga escala e com grande sensibilidade. IMS também pode oferecer informação estrutural das moléculas analisadas que podem facilitar ainda mais a identificação dos peptídeos analisados. Contudo, a falta de ferramentas e tecnologias capazes de poder preditivo de forma ampla faz esta tarefa muito desafiadora. Para atacar este problema, desenvolvemos um protocolo computacional baseado em princípios biofísicos para predizer a área da seção de choque cruzado de peptídeos como se tivessem sido medidos via experimentos de IMS/MS. O protocolo utiliza pacotes de software para modelagem molecular Open Source e scrips e interfaces desenvolvidas. Hospedado em um servidor web e com uma interface intuitiva, um sistema permite que o usuário entre com a sequência de aminoácidos de um peptídeo e obtenha informações sobre as estruturas candidatas e suas áreas de seção de choque cruzado correspondentes. A versão atual foi desenvolvida para identificar a conformação espacial no vácuo de peptídeos com até 23 aminoácidos, em seu maior estado de carga, baseado na combinação de m/z e seção de choque cruzado. Um conjunto de 124 sequências peptídicas com suas seções de choque cruzado calculadas experimentalmente foi utilizado para validação do nosso protocolo. Nossos resultados mostraram que a seção de choque cruzado predita tem um erro médio de aproximadamente 2.8% do valor experimental.
 
Palavras-chave: Predição de estruturas, peptídeo, IMS, IMS-MS, Seção de choque cruzado
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