No primeiro ano, o aluno se dedica basicamente a cursar seis disciplinas (três básicas e três eletivas) dentro de sua área de pesquisa. Entre as disciplinas eletivas possíveis, existe a de Trabalho Individual, na qual o aluno, junto ao seu orientador, pode realizar a revisão necessária para sua pesquisa. O segundo ano é dedicado à execução da pesquisa e escrita da dissertação.
O programa é bastante abrangente, contemplando sete áreas de pesquisa: Banco de Dados, Engenharia da Computação, Engenharia de Softwares e Linguagens, Inteligência Computacional, Redes e Sistemas Distribuídos, Teoria da Computação e Mídia e Interação.
Desde a sua criação, o CIn-UFPE já formou mais de 1700 mestres.
Dados atualizados em junho de 2017.